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Origine

Cet outil a été développé au sein de l'UMR EMMAH en collaboration avec ARVALIS. Il s'appuie sur les travaux de l'UMR EGC (Environnement et grande culture).

Pour qui?

SCANAREA est destiné à la communauté scientifique et technique dans le domaine environnemental et agricole. Pour l'obtenir, contactez-nous.

Pour faire quoi?

SCANAREA est un logiciel d’analyse de scan d’organes de plantes pour mesurer différents paramètres de plante:

Surface de feuille, de tige ou de fruit (distinction de la partie verte et sénescente): pour tout type de feuilles

Paramètres de forme pour chaque feuille : longueur maximum, largeur maximum, largeur = f(distance à l’origine) dans le cas du blé

Le principe repose sur l’utilisation de deux seuillages, le premier permettant de distinguer les objets du fond de l’image, le deuxième de distinguer les parties vertes des parties sénescentes. La méthode de seuillage repose sur l’utilisation des histogrammes bi-dimensionnels de l’image scannée (Bleu/Vert pour le premier seuil et Rouge/Vert pour le deuxième).

Une fois le seuillage effectué, chaque objet est analysé en termes de surface, de forme et de couleur et les résultats sont à la fois stockés sous forme d’image (pour analyse des seuils) et de fichier excel (contenant les paramètres de formes et les surfaces de chaque objet, le paramétrage ayant servi pour le traitement).

Le logiciel fonctionne sous windows. Il est livré sous forme d’exécutable SCANAREA avec un guide utilisateur.

Contact

M. Weiss, B. de Solan

Remerciements

Nous remercions vivement Tim Dornbusch (INRA-Unité ECG, Paris) pour sa collaboration dans l'implémentation du modèle de feuille de blé (LeafShape model) ainsi que David Legland (Unité BIA, Nantes - plateforme PLASTIC) pour sa contribution via la bibliothèque matlab IMGEODESICS(Geodesic distances in images) qu'il a dévelopée. 

Télécharger le guide utilisateur de SCANAREA en français Références: [1]    D. Legland and J. Beaugrand, "Automated clustering of lignocellulosic fibres based on morphometric features and using clustering of variables," Industrial Crops and Products, vol. 45, pp. 253-261, 2013. [2]    T. Dornbusch, J. Watt, R. Baccar, C. Fournier, and B. Andrieu, "A comparative analysis of leaf shape of wheat, barley and maize using an empirical shape model," Annals of Botany, vol. in review, 2010. [3]    T. Dornbusch and B. Andrieu, "Lamina2Shape--An image processing tool for an explicit description of lamina shape tested on winter wheat (Triticum aestivum L.)," Computers and Electronics in Agriculture, vol. 70, pp. 217-224. [4]    C. Lantuéjoul and S. Beucher, "On the use of geodesic metric in image analysis," Journal of Microscopy, vol. 121, pp. 15-21, 1981.