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Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

UMR INRA - Univ. Nice Sophia Antipolis - Cnrs
Inra PACA
400 route des chappes
BP 167
0690 Sophia Antipolis Cedex
FRANCE
Tel. : +33(0)4 92 38 64 00
Fax : + 33(0)4 92 38 64 01

http://www.paca.inra.fr/institut-sophia-agrobiotech

Bioinformatique Appliquée : Analyses de séquences

Objectif et contenu

Ce module a pour but d’initier les étudiants aux outils d’analyse de séquences biologiques disponibles sur Internet pour des applications en bioinformatique et biotechnologie.
Contenu : Structure et utilisation des grandes bases de données du domaine (EBI, NCBI, SwissProt); Les principaux outils de recherche dans les bases de données (SRS & Entrez); Compréhension et utilisation d’outils d'analyses de séquences nucléiques et protéiques, Notions d'alignements 2 à 2 et multiple (ClustalW) ; utilisation avancée de l'outil Blast ; Recherche de Motifs dans des séquences ; Recherche de primer, etc…

Compétences

  • scientifiques : Analyse des séquences biologiques : recherches d’informations, de similitudes, Recherches dans des banques de données biologiques par l’outil SRS, maitrise des outils d’alignement (Align, Blast), recherche de motifs, recherche d’amorces PCR.
  • transversales : Informatique (maitrise d’outils d’analyse bioinformatique), connaissances d’algorithmes pour la biologie (alignement de séquences), notion sur les bases de données, utilisation d’Internet.

Responsable de l’UE : R. Gautier
Intervenants de l’UE : C. Sabourault, R. Gautier, D. Colinet + moniteurs ou ATER

Volume horaire total : 36 h
Répartition (en heures « présentiel » pour l’étudiant):

C Magistraux

C Intégrés

T Dirigés

T Pratiques

T Terrain

12

24h dont 2 CC

 UE renforcée : Non