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Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

UMR INRA - Univ. Nice Sophia Antipolis - Cnrs
Inra PACA
400 route des chappes
BP 167
0690 Sophia Antipolis Cedex
FRANCE
Tel. : +33(0)4 92 38 64 00
Fax : + 33(0)4 92 38 64 01

http://www.paca.inra.fr/institut-sophia-agrobiotech

Evolution Moléculaire et Phylogénèse

Objectif et contenu

Cette UE a pour objectif de former les étudiants, par la théorie et l’aide d’exemples concrets, appréhender l’évolution moléculaire et réaliser et interpréter des phylogénies.

Cours :

La théorie moléculaire de l’évolution : présentation et discussion de différents aspects de l’évolution moléculaire (notion d’horloge moléculaire, effet de la sélection). Présentation des méthodes d’analyse phylogénétique et de la méthode de validation des arbres phylogénétiques obtenus.

  • Evolution et Phylogénie : Introduction historique ;
  • Caractères, homologie et alignements de séquences ;
  • Evolution des séquences et horloge moléculaire ;
  • Reconstruction phylogénétique : méthodes de distances, méthodes de parcimonie, méthodes probabilistes et bayésiennes ;
  • Robustesse des phylogénies moléculaires (bootstrap) ;
  • L’évolution des génomes et son impact sur les méthodes de reconstruction phylogénétiques sera analysée (duplications de gènes, "domain shuffling", transferts horizontaux). Les tests de neutralité, l’autre application de la théorie neutraliste de l’évolution, seront présentés, avec leurs limites d’application ;
  • Tests de neutralité, applications et limites ;
  • Evolution des génomes : domain shuffling, synténie, duplication et pertes de gènes, éléments mobiles (transposons), transferts horizontaux ;
  • Génomique et Phylogénie (Phylo-génomique).

TP & TD :

au cours de ces TD et TP, les étudiants apprendront manipuler des séquences d’ADN l’aide de différents logiciels informatiques, les aligner (Clustal) et critiquer la validité des alignements. Ils utiliseront des logiciels de phylogenèse pour obtenir des arbres phylogénétiques partir des alignements et en testeront la robustesse.

Responsable de l’UE : D. Forcioli, Lorraine Bottin
Intervenants de l’UE : Lorraine Bottin, D. Forcioli, D. Colinet
Volume horaire total : 40 h
Répartition (en heures « présentiel » pour l’étudiant) :

C Magistraux

C Intégrés

T Dirigés

T Pratiques

T Terrain

20

8

12

UE renforcée : NON