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Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

UMR INRA - Univ. Nice Sophia Antipolis - Cnrs
Inra PACA
400 route des chappes
BP 167
0690 Sophia Antipolis Cedex
FRANCE
Tel. : +33(0)4 92 38 64 00
Fax : + 33(0)4 92 38 64 01

http://www.paca.inra.fr/institut-sophia-agrobiotech

Santé des Plantes Interactions Biotiques Outils scientifiques Collectifs (Plateforme SPIBOC)

SPIBOC

Créée en 2011, l’équipe SPIBOC dont la responsable est Karine Hugot, a pour objectif de mettre à disposition des équipes de recherche de l’Institut Sophia Agrobiotech ainsi que des extérieurs, les outils, les méthodes et expertises dans des domaines technologiques suivants : microscopie, biochimie analytique, bioinformatique - génomique.  Après une phase de structuration sur la base des plateaux existants du site ISA, l’organisation est aujourd’hui celle d’une plateforme, appelée plateforme SPIBOC (Santé des Plantes Interactions Biotiques Outils scientifiques Collectifs). SPIBOC regroupent équipements et compétences sur le site d’ISA pour la microscopie, la biochimie analytique et la bioinformatique, ainsi qu’un accès privilégié à 1 plateforme localisée à l’IPMC, CNRS  :

  • Plateau de Microscopie, Site ISA, Resp : Olivier Pierre ;
  • Plateau de Biochimie Analytique (PtBA), Site ISA, Resp : Aurélie Séassau ;
  • Plateau de Bioinformatique, Site ISA ;
  • Plateforme de Génomique Fonctionnelle, Site IPMC, Interlocuteur : Karine Hugot.

Ces plateaux sont accessibles à tout le personnel de ISA et la plupart sont ouverts aux personnes extérieures tant du secteur public que privé. Ces plateaux sont également ouverts sur l’extérieur via les réseaux scientifiques et techniques auxquels ils appartiennent.

Domaines d’activités

Les composantes de la plateforme interviennent au niveau macroscopique et cellulaire, au niveau moléculaire et mécanistique (protéines et petites molécules, interactions biophysiques) et au niveau analyse des données (génome, transcriptome, protéome). La plateforme SPIBOC consacre une partie importante de ses activités aux thématiques développées dans ISA et possède une expertise reconnue dans le domaine de la santé des plantes et des interactions biotiques.

Domaines d’activités :

  • Bioinformatique
  • Génomique – transcriptomique
  • Protéomique – métabolomique
  • Microscopie
  • Végétal / animal / humain

Ancrage régional et appartenance à des réseaux

SPIBOC s’inscrit dans une dynamique régionale forte et participe à des réseaux nationaux de manière active. Ce positionnement contribue à favoriser les échanges, et en région donne aux équipes d’ISA une fenêtre d’accès plus importante sur des outils complémentaires.

  • appartenance des plateaux de microscopie et de biochimie analytique aux PF de Nice – Sophia Antipolis que sont respectivement MICA (Microscopie Côte d’Azur, PF IBiSA : http://www.mica-bio.fr/) et CAPABIO (http://www.capabio.fr/) ;
  • participation aux réseaux nationaux que sont RµI et MassProt’INRA et régionaux que sont ProtéoPACA, CoreBioPACA, PF  du Labex SIGNALIFE ;
  • appartenance des bioinformaticiens au CATI BBRIC (Bioinformatique, Biodiversité, Représentation et Intégration des connaissances, http://cati-bbric.toulouse.inra.fr/).

Gouvernance, Fonctionnement

Chaque plateau de ISA est géré par un responsable aidé d’un référent scientifique.

Le référent scientifique appartient à une équipe de recherche et consacre 10 – 20% de son activité au plateau. Il a une connaissance très fine de l’outil, et est un appui au responsable du plateau pour les questions scientifiques et techniques liées aux projets. Il contribue au lien entre les plateaux et les équipes de recherche, il constitue un interlocuteur privilégié pour tous les personnels du plateau.

Chaque plateau est également doté d’un comité de pilotage constitué du Directeur d’Unité, du responsable d’équipe, des responsables plateaux, des représentants des équipes utilisatrices et d’expert(s) extérieurs.

Ce comité de pilotage se réunit 2 à 3 fois par an et a pour mission :

  • de prioriser les projets en cas de saturation ;
  • d’identifier les développements technologiques et les  prioriser, identifier éventuellement les moyens de financement ;
  • de faire remonter les problèmes récurrents ou les points à améliorer.

Plus d’information sur les pages descriptives des différents plateaux

Démarche Qualité 

Afin de prendre en compte la notion de service aux utilisateurs, l’équipe de SPIBOC a décidé, sur la base de la démarche qualité de l’unité ISA, de suivre comme référentiel la norme ISO 9001.

Ce travail est coordonné par l’animatrice qualité : Martine Da Rocha qui fédère un représentant de chaque plateau. 

Modalités d’accès

Les modalités d’accès sont détaillées pour chaque plateau dans leurs pages respectives.

Contact : karine.hugot@inra.fr

Valorisation des résultats 

SPIBOC suit la politique de valorisation des résultats suivante :

  • Lorsque les résultats académiques produits par le plateau sont déterminants, la (les) personne(s) du plateau impliquée(s) dans l'acquisition et l'interprétation de ces résultats seront associées aux publications en participant à la rédaction. A minima, elle(s) sera (seront) citée(s) dans les remerciements.
  • De même, les coordonnées du plateau doivent apparaître dans les communications (posters, publications, communication orales) qui utilisent les résultats obtenus sur et par le plateau.