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Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

Institut Sophia Agrobiotech

UMR INRA - Univ. Nice Sophia Antipolis - Cnrs
Inra PACA
400 route des chappes
BP 167
0690 Sophia Antipolis Cedex
FRANCE
Tel. : +33(0)4 92 38 64 00
Fax : + 33(0)4 92 38 64 01

http://www.paca.inra.fr/institut-sophia-agrobiotech

Plateau de bioinformatique

Plateau de bioinformatique
Le plateau de bioinformatique et génomique (BIG) de l'Institut Sophia Agrobiotech (ISA) a été créé en janvier 2012. Il a pour objectif de mutualiser les moyens et les compétences en bioinformatique de l'ISA afin de prendre en charge et d'optimiser le traitement des données des projets « omiques » de plus en plus nombreux. L'activité du plateau est centrée sur l'analyse de séquences dans le domaine des interactions entre plantes et bio-agresseurs ou symbiontes. Il mutualise ses efforts autour du développement de programmes et d'outils originaux pour répondre au mieux aux besoins des biologistes et aux questions scientifiques posées.

Activités

Conscient de l’importance pour les chercheurs de comprendre et d’appréhender eux mêmes leurs analyses, notre objectif principal est de fournir à tout porteur de projet des résultats sous forme concise et précise, ainsi que les clés et les outils pour les exploiter efficacement.

Dans cet objectif, deux types d’activités sont conjointement menées :
- La mise en oeuvre et le développement d’outils (bio)infomatiques : protocoles d’analyses, pipelines, bases de données spécialisées, ou encore des sites web publics ou interfaces graphiques privées donnant accès à nos méthodes et à nos bases de données.
- La mise en place de formations pour réaliser un accompagnement des scientifiques dans l’analyse de leurs données et l’utilisation  d’outils du domaine ainsi que les outils du plateau.

Ces activités sont mises au service de la donnée moléculaire grâce aux compétences dont dispose le plateau en analyse de données NGS (génomique et transcriptomique), épigénétique, polymorphisme, métagénomique, phylogénétique ainsi qu’en annotation fonctionnelle et génomique comparative.

Prestations

Nous proposons des protocoles et prestations standards qui peuvent être appliqués aux analyses “classiques” :

  • pipeline d'analyse de l'expression des gènes (DGE - Differential Gene Expression)
  • pipeline d'analyse de polymorphisme (SNP - Single Nucleotide Polymorphism)
  • pipeline d'analyse de la variabilité du nombre de copies d'un gène (CNVs - Copy Number Variation)
  • pipeline d'identification des small RNAs
  • pipeline d' assemblage de petits transcriptomes

En complément, nous proposons également des prestations et développements sur des projets plus exploratoires.
N’hésitez pas à nous contacter et nous exposer votre projet.

Formations et Accueil de visiteurs et stagiaires

Accueil de visiteurs et de stagiaires

Chaque année, nous accueillons des étudiants de divers horizons et nous les accompagnons en tant qu’ encadrant ou co-encadrant en bioinformatique. Nous accueillons également des visiteurs lors de projets collaboratifs.
Consultez les sujets de stages.

Formations

  • Informatique

Initiation au langage de programmation PERL (3 jours)
Initiation à la ligne de commandes en environnement linux (1 jour)

  • Bioinformatique

Session: Data analysis: genomes and transcriptomes
Session: Functional annotation and analysis of polymorphism
Session: Metagenomics, epigenetics and visualization                

Réseaux

Les membres du plateau font partie du CATI-BBRIC (Centre Automatisé de Traitement de l'Information - BioInformatique, Biodiversité, Représentation et Intégration des Connaissances, http://cati-bbric.toulouse.inra.fr). Ce CATI créé et homologué par l'INRA en 2012 s'est structuré autour de l'objectif scientifique suivant: traiter l’information dans le cadre des recherches « des gènes aux communautés d’organismes ». Les CATI sont un moyen de structurer la bioinformatique au sein de l'INRA et de permettre, notamment, à des personnes travaillant sur les mêmes problématiques de travailler ensemble ou au moins de partager leurs expériences. Le CATI BBRIC est soutenu par le département Santé des Plantes et Environnement (SPE) de l’INRA.
Les membres du plateau font aussi parti du PEPI IBIS (Partage d'Expérience et de Pratique en Informatique - Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit, https://wiki.inra.fr/wiki/pepibioinfostats/ ). Les PEPI ont été mises en place en 2010, pour venir compléter la structuration de l'informatique à l'INRA. Les PEPI sont des réseaux métiers pour favoriser les échanges permanents (formations, pôles d'animations thématiques, etc) entre acteurs de l'informatique quelque soit leur CATI d'appartenance.
Le plateau est engagé dans un partenariat avec la plateforme UCAGenomiX@IPMC – Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire, dans le cadre du projet France Génomique pour le traitement et la mise à disposition des séquences produites localement.

Equipements et Resources

 Nos ressources informatiques internes :

  • 1 serveur PowerEdge R520, 32Go RAM, 3,5 To HDD utiles, 12 CPUs hébergeant 6 machines virtuelles
  • 1 serveur PowerEdge T630, 32Go RAM, 13 To HDD utiles, 12 CPUs
  • 1 serveur PowerEdge R930, 765 Go RAM, 14 To HDD utiles, 72 CPUs

Nous disposons d’accès aux plateformes bioinformatiques suivantes:

Comité Scientifique Utilisateur (CSU)  

Le Comité Scientifique Utilisateur définit les orientations du plateau. Il définit en concertation avec les membres du plateau, les évolutions technologiques prioritaires. Si nécessaire, il examine les projets scientifiques soumis au plateau afin de les prioriser le cas échéant. Il donne un avis sur les prévisions budgétaires et sur les montants des tarifications.

  • Membres du CSU

Pierre Abad (Directeur d’Unité)
Karine Hugot (Responsable Equipe SPIBOC)
Etienne Danchin (Equipe IPN – Référent Scientifique)

Alexandre Boscari (Equipe SYMBIOSE)
Vincent Calcagno (Equipe M2P2)
Dominique Colinet (Equipe ESIM)
Christine Coustau (Equipe ID)
Armel Gallet (Equipe BES)
Thomas Guillemaud (Equipe BPI)
Michel Ponchet (Equipe IPO)
Alain Robichon (Equipe GEP)
Nicolas Ris (Equipe RDLB)

  • Membres du plateau

Etienne Danchin (DR2 - Référent Scientifique INRA -  20% ETP)
Martine Da-Rocha (IE2 - Ingénieur Bioinformatique INRA - 100% ETP)
Corinne Rancurel (IE1 - Ingénieur Bioinformatique CNRS - 100% ETP)

Contact

spiboc.big [at] inra.fr

Accueil de visiteurs et de stagiaires

Le plateau de BioInformatique et Génomique accueille régulièrement des visiteurs et des stagiaires.
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