En naviguant sur notre site vous acceptez l'installation et l'utilisation des cookies sur votre ordinateur. En savoir +

Menu Logo Principal Logo UNS Logo CNRS

Inra Sophia Antipolis : Formation et Recherche en Santé des Plantes

La Formation et la Recherche en Physiologie Végétale

Evolution Moléculaire et Phylogénèse

Intitulé : Evolution Moléculaire et Phylogénèse

Niveau / Semestre : L3-S6
Unité d’enseignement :
ECTS :
Responsable : D. Forcioli

L - Licence ; S - Semestre ; UEO - unité d’enseignement optionnelle ; ECTS - European Credits Transfer System.

Cette UE a pour objectif de former les étudiants, par la théorie et l’aide d’exemples concrets, appréhender l’évolution moléculaire et réaliser et interpréter des phylogénies.

Cours :

La théorie moléculaire de l’évolution : présentation et discussion de différents aspects de l’évolution moléculaire (notion d’horloge moléculaire, effet de la sélection). Présentation des méthodes d’analyse phylogénétique et de la méthode de validation des arbres phylogénétiques obtenus.

  • Evolution et Phylogénie : Introduction historique ;
  • Caractères, homologie et alignements de séquences ;
  • Evolution des séquences et horloge moléculaire ;
  • Reconstruction phylogénétique : méthodes de distances, méthodes de parcimonie, méthodes probabilistes et bayésiennes ;
  • Robustesse des phylogénies moléculaires (bootstrap) ;
  • L’évolution des génomes et son impact sur les méthodes de reconstruction phylogénétiques sera analysée (duplications de gènes, "domain shuffling", transferts horizontaux). Les tests de neutralité, l’autre application de la théorie neutraliste de l’évolution, seront présentés, avec leurs limites d’application ;
  • Tests de neutralité, applications et limites ;
  • Evolution des génomes : domain shuffling, synténie, duplication et pertes de gènes, éléments mobiles (transposons), transferts horizontaux ;
  • Génomique et Phylogénie (Phylo-génomique).

TP&TD :

Au cours de ces TD et TP, les étudiants apprendront manipuler des séquences d’ADN l’aide de différents logiciels informatiques, les aligner (Clustal) et critiquer la validité des alignements. Ils utiliseront des logiciels de phylogenèse pour obtenir des arbres phylogénétiques partir des alignements et en testeront la robustesse.

Intervenants :  Lorraine Bottin, D. Forcioli, D. Colinet