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UMR Biodiversité et Biotechnologie Fongiques

Criblage à haut-débit de fonctions enzymatiques

Pour explorer la biodiversité enzymatique et métabolique du règne fongique, estimée aujourd’hui à plus de 5 millions d’espèces (Blackwell 2011, American Journal of Botany 98(3):426-438), l'UMR1163 a développé une plateforme de criblage enzymatique haut-débit. Sa particularité est d'être adaptée aux champignons filamenteux, et notamment aux basidiomycètes, malgré des contraintes spécifiques dues à ce type de micro-organisme (cultures hétérogènes, sporulation, pigmentation et viscosité). Cette plateforme propose à ses partenaires académiques et industriels des solutions adaptées dans le criblage fonctionnel haut-débit de la biodiversité fongique. Adossée au CIRM-CF, la collection de champignons filamenteux de l'Unité, certifiée ISO 9001 et labélisée IBiSA, la plateforme dispose pour ses criblages de plus de 2000 souches fongiques originales, collectées notamment en milieu tropical.

Equipements

Automate de pipetage TECAN Freedom Evo, complété par :

  • Un incubateur avec agitation pour microplaque (de 25 à 55°C) TECAN
  • Un bloc chauffant statique pour microplaque (jusqu’à 100°C) EPPENDORF
  • Un spectrophotomètre multi-longueur d’onde, avec agitation et incubation TECAN
  • Une scelleuse de microplaque VELOCITY 11
  • Une unité de filtration de microplaque TECAN

Assemblée dans une hotte à flux laminaire construite sur mesure, la plateforme assure une grande sécurité à ses utilisateurs et évite la contamination des cultures microbiennes criblées. Selon les applications, la plateforme peut utiliser des cônes stériles ou des aiguilles téflonisées pour les pipetages.

Plateforme de criblage enzymatique

 

Analyses chromatographiques :

  • HPLC-DAD (Agilent) destiné à l’analyse des composés phénoliques
  • HPAEC-PAD (Dionex) compatible microplaque, destiné à l’analyse des sucres et acides organiques

  Incubateurs agitateurs :

  • Minitron (INFORS) destiné aux cultures moyen-débit en fioles et plaques 16 puits
  • Microtron (INFORS) destiné aux cultures haut-débit en plaques 24 et 96 puits

Prestations types

  • Développement et réalisation de criblage haut et moyen débit
  • Culture fongique miniaturisée, et production d'échantillons (métabolites, enzymes, extraits)
  • Caractérisation enzymatique de secrétomes fongiques
  • Hydrolyse enzymatique de biomasses lignocellulosiques

Partenaires utilisateurs

  • Académiques en France : INRA (UMR IATE, GenoBois), ONF, FCBA, IRD (COM), CNRS (AFMB), IFPEN
  • Académiques en Europe : Utrech University and CBS-KNAWL (Netherlands), Micoteca da Universidade do Minho (Portugal), University of Athens (Greece)
  • Privés : JungBunzLaueur