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UMR Biodiversité et Biotechnologie Fongiques

Genomique des champignons

Annotation fonctionnelle des oxydoréductases lignocellulolytiques

Les avancées technologiques liées au séquençage à haut débit des génomes ouvrent des perspectives sans précédent pour l’analyse et la comparaison de génomes fongiques à grande échelle. Face à cette richesse d’informations, l’exploration de la biodiversité computationnelle prend une dimension nouvelle permettant d’approfondir nos connaissances sur la dégradation des parois végétales.

En 2008, une base de données dédiée à l’annotation des enzymes ligninolytiques a été créée au sein de l’UMR1163. Cette base de données FOLy (Fungal Oxidative Lignin enzymes) a permis d’explorer le répertoire de gènes codant pour des enzymes ligninolytiques au sein de nombreux génomes fongiques.

Une restructuration complète de la base de données a été réalisée récemment afin d’améliorer et d’étendre notre classification en redéfinissant la nomenclature des familles couvertes. De plus, de nouveaux pipelines de prédictions fonctionnelles ont été mis en place afin de faire face aux données croissantes issues des nombreuses données « -omics ». Cette nouvelle classification est réalisée communément entre l’UMR1163 BCF et l’UMR7257 AFMB (Équipe Glycogénomique CAZy ; www.cazy.org).

Les travaux relatifs à la nouvelle classification des enzymes ligninolytiques ainsi que l'annotation/comparaison de plusieurs dizaines de génomes fongiques ont été récemment publiés dans Biotechnology for Biofuels (1) (doi:10.1186/1754-6834-6-41). L'ensemble des données publiques est librement accessible sur le site : www.cazy.org/Auxiliary-Activities.html

En parallèle, des études phylogénomiques sont également réalisées au sein des familles lignocellulolytiques afin de corréler les liens entre changements évolutifs et changements fonctionnels (phylogénie et tests de sélection Darwinienne). Notre but est de comprendre l’adaptation du champignon dans son environnement.

Reference:

(1) Anthony Levasseur, Elodie Drula, Vincent Lombard, Pedro M. Coutinho, Bernard Henrissat. Expansion of the enzymatic repertoire of the CAZy database to integrate auxiliary redox enzymes. Biotechnology for Biofuels 2013, 6:41 (doi:10.1186/1754-6834-6-41)