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UMR Biodiversité et Biotechnologie Fongiques

INRA

Action incitative INRA CEPIA/MICA

Diversité enzymatique des Polyporales pour une déconstruction optimisée de la biomasse (Polyporales) 2012-2013

L’ordre des Polyporales (Basidiomycetes) est particulièrement riche en champignons à haut potentiel biotechnologique présentant une grande diversité de capacités enzymatiques lignocellulolytiques. L’exploration de la diversité fonctionnelle au sein des Polyporales est conduite en collaboration avec le Joint Genome Institute dans le cadre d’un programme de séquençage de génome de 40 souches fongiques. Dans le cadre de l’ANS Polyporales, cinq souches faisant partie de ce projet de séquençage de génome sont étudiées. L’analyse comparative de leurs machineries enzymatiques est réalisée à partir des génomes, mais aussi des transcriptomes et protéomes obtenus après croissance sur substrats cellulosiques ou hémicellulosiques simples et sur substrats ligneux complexes (paille de blé, pin, peuplier). Le phénotypage des molécules plateformes (monosaccharides et oligo-saccharides simples et oxydés, composés phénoliques) libérées à partir de la biomasse sera analysée par des méthodes analytiques moyen débit.

Collaborations :

-        DOE Joint Genome Institute, California, US (http://www.jgi.doe.gov/)

-        CAZy, Glycogenomics group, AFMB, Marseille, France (http://www.cazy.org/)

-        Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud Ouest (PAPPSO), GIS IBISA, Jouy en Josas, France (http://pappso.inra.fr/)

-        CIRM-CF, Collection International de Ressources Microbiennes-Champignons Filamenteux, Marseille, France (https://www6.inra.fr/cirm)

Contact : marie-noelle.rosso@univ-amu.fr

 

Action Incitative INRA CEPIA/MICA

- Enzymes Microbiennes actives sur la fraction récalcitrante de la Lignocellulose (zyMiLi) 2011-2012

L’approche envisagée dans ce projet est exploratoire afin d’identifier les activités enzymatiques susceptibles de déstructurer les fractions récalcitrantes de la lignocellulose en ciblant plus particulièrement les liaisons lignine-hémicellulose. L’approche expérimentale permettra non seulement d’identifier des composants capables de palier les limitations déjà révélées des cocktails enzymatiques commerciaux, mais elle sera également parfaitement capable d’identifier des protéines encore non caractérisées biochimiquement à ce jour.

 Collaborations:

- UR 1268 - Biopolymères - Intéractions – Assemblages (BIA) Nantes

- UMR 792 - Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP) Toulouse

 Contact
Jean-Guy.berrin@univ-amu.fr

 

Action Incitative INRA CEPIA 

- Comportement des enzymes de déstructuration dans des assemblages modèles de parois végétales (ENZYDAM) 2011-2012

L’objectif principal du projet est de comprendre les limitations à la dégradation enzymatique des polysaccharides pariétaux, ainsi que de la lignine, au sein de réseaux de polymères susceptibles de mimer certains agencements présents dans les parois végétales. En particulier, les propriétés de mobilité des protéines et leurs degrés d’interaction avec les briques constitutives seront comparativement examinés dans deux types d’assemblage à base de cellulose mimant différents niveaux d’organisation : cellulose/xyloglucane/pectine, ou cellulose/hémicelluloses/lignines. Ce programme vise notamment à évaluer l’influence de la complexité chimique et de la densification des systèmes sur le mode d’action et la mobilité des enzymes par l’utilisation de systèmes modèles.

Collaborations:

- UR 1268 - Biopolymères - Intéractions – Assemblages (BIA) Nantes

- UMR 614 –  Fractionnement des AgroRessources et Environnement (FARE) Nantes

Contact :

eric.record@univ-amu.fr

 

Action Incitative INRA CEPIA (inter-département) 

- Séquençage de Pycnoporus sanguineus pour la recherche de nouvelles enzymes de dégradation de la lignocellulose (Pycno) 2011-2012

L’objectif de projet est de réaliser l’annotation structurale et fonctionnelle (par approche phylogénétique) du génome dePycnoporus sanguineus, l’annotation des FOLymes (dégradation de le lignine) et CAZymes (dégradation de la cellulose et de l’ hémicellulose).  En outre, il est prévu de comparer l’organisation des gènes et le remaniement chromosomique entreP. sanguineusetPycnoporus cinnabarinus(tropicale vs tempérée). Enfin, certaines gènes seront clonées et les enzymes correspondants seront produites et testées pour la biotransformation de la biomasse végétale.

 Collaborations :

- UR0875, Biométrie et Intelligence Artificielle (BIA), Toulouse, Département MIA (Mathématique et Informatique Appliquées)

Contacts :

eric.record@univ-amu.fr