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UMR Biodiversité et Biotechnologie Fongiques

Internationaux

Principaux projets européens:

- INDOX (2013-2016)

Le projet Indox (Industrial Oxidoreductases)  est un projet collaboratif financé par le 7e programme cadre de la Commission européenne (7e PCRD) qui rassemble l'expertise de seize participants de sept pays de l'UE ainsi que d’un partenaire de l'UE (http://www.indoxproject.eu/about.php). L'objectif principal du projet est de fournir des exemples industriels pertinents permettant de démontrer l'efficacité de biocatalyseurs optimisés sur des réactions ciblées, par rapport aux procédés de conversion chimique.

Les biocatalyseurs: Les partenaires d’INDOX sont des spécialistes de biocatalyseurs particluliers, des oxydoréductases catalysant une large gamme de réactions d'oxydation et oxyfunctionalization. Le projet vise à explorer l'applicabilité industrielle des familles les plus prometteurs d’oxydoréductases dans plusieurs réactions d'oxydation d'intérêt industriel.

Le projet: De nos jours, l'industrie chimique n’a pas encore adopté les réactions d'oxydation enzymatiques de façon significative, principalement en raison du manque de biocatalyseurs ayant une sélectivité et une compatibilité suffisantes avec les conditions requise ce secteur. Les partenaires industriels participant au projet ont identifié plusierus réactions d'oxydation et d’oxyfunctionalization qui ont été ciblées dans le projet INDOX, avec une étape d’optimisation des biocatalyseurs pour obtenir des composés pertinents industriellement: intermédiaires pour les produits agrochimiques / ingrédients pharmaceutiques actifs (API); précurseurs de polymères et des polymères fonctionnalisés; intermédiaires pour colorants. Il a été démontré que les champignons et autres micro-organismes représentent la source la plus large et la plus facilement exploitable concernant les enzymes d'oxydation. Par conséquent, l’identification de biocatalyseurs et leur optimisation seront abordés comme suit dans ce projet: identification de biocatalyseurs d’oxydoréduction à partir de génomes fongiques et d'autres sources; amélioration de l'activité et de la stabilité à l'oxydation par l'ingénierie des protéines afin de remplir les conditions de fonctionnement catalytiques requis par l'industrie chimique; et optimisation des conditions de réaction et configurations de bioréacteurs (comprenant l'immobilisation des enzymes et élaboration de nouvelles réactions enzymatiques en cascade). Le projet INDOX est soutenu par un consortium hautement spécialisé de PME, des grandes entreprises et d’institutions universitaires de recherche et académiques. La production de nouveaux biocatalyseurs optimisés et leur introduction dans le marché de la chimie bénéficiera à une société, chef de file mondial, dans le secteur des enzymes industrielles, ainsi qu’à plusieurs entreprises de produits chimiques qui sont prêtes à mettre en œuvre ces nouveaux procédés de biotransformations à moyen terme et grande échelles .

Contact : Craig.faulds@univ-amu.fr   Eric.record@univ-amu.fr

- European Consortium of Microbial Resource Centres (EMbARC) (2009-2012)

- COST Action FP0602 Biotechnology for lignocellulose Biorefineries (BIOBIO) (2007-2011)

- White biotechnology for added value products from renewable plant polymers : design of tailor made biocatalysts and new industrial bioprocesses (BIORENEW) (2006-2010)

- New Improvements for lignocellulosic Ethanol (NILE) (2006-2009)

Réseau européen de collaborations avec des centres européens d’excellence dans le domaine de l’étude des champignons filamenteux:

- le TNO, Pays Bas 

- le VTT et l’Université d’Helsinki, Finlande

- le Weizmann Intitute of Science, Israel

- le CIB, Madrid, Espagne

- BOKU, Vienne, Autriche

- Université d'Athènes, NTUA, Grèce

 

Projets internationaux:

2012-2015: Community Sequencing Program (CSP) au Joint Genomic Institute (JGI), Department of Energy (US) : "Survey of the lignocellulolytic capabilities over the order Polyporales"

Un projet de séquençage de génome de 40 souches de Polyporales de la collection CIRM-CF, coordonné par l’Unité, a été initié en collaboration avec le Joint Genome Institute (JGI ; http://genome.jgi-psf.org/programs/fungi/index.jsf). Priorité a été donnée à des souches appartenant à des taxons encore peu explorés couvrant l’ordre des Polyporales, à des souches pour lesquelles des capacités enzymatiques intéressantes ont déjà été mises en évidence au laboratoire et à des souches d’origine tropicale. Sur les 40 souches sélectionnées, 20 souches ont été collectées en régions tropicales et constituent des sources potentielles de propriétés enzymatiques originales pour la conversion de la biomasse lignocellulosique. Le séquençage de ces génomes fournira une vision globale des répertoires d’enzymes de la lignocellulolyse de chaque souche. Afin de mieux comprendre les mécanismes enzymatiques de la transformation de substrats lignocellulosiques, ces données seront couplées à des données d’étude fonctionnelle. L’étude du profil d’expression des gènes sur substrats (ligno)cellulosiques variés permettra d’identifier la part active de ces répertoires de gènes en fonction des substrats testés. En outre, l’étude du sécrétome des champignons (ensemble des protéines sécrétées dans le milieu de culture) sur ces mêmes substrats permettra d’identifier les enzymes effectivement sécrétées par le champignon pour la transformation du substrat et la génération de molécules plateformes.

Collaborations: Bernard Henrissat (AFMB, Marseille), Pedro Coutinho (AFMB, Marseille), Dan Cullen (Forest Products Laboratory Madison, WI), Régis Courtecuisse (Université de Lille), David Hibbett (Clark University, Worcester, MA), Ursula Kües (University of Göttingen, Germany), Francis Martin (INRA-Nancy), Angel Martinez (Biological Research Centre, Madrid, Spain), Antonio Pisabarro (Universidad Publica de Navarra, Spain), Ronald de Vries CBS, Utrecht, The Netherlands), Han Wösten (Utrecht University, The Netherlands).