En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal LOGO GAFL LOGO GAFL

Site WEB GAFL

Axe 1: Diversité génétique et domestication

Domestication des Solanacées

DADI 4

Les conséquences de la domestication sur les profils nucléotidiques et d'expression ont été examinées en utilisant des données RNAseq dans un ensemble d'accessions de plantes cultivées et sauvages (http://www.arcad-project.org/, Sarah et al., 2016). Après la tomate, nous avons étendu cette approche à la famille des Solanacées pour mener une approche génomique comparative du poivron, de l'aubergine et des tomates sauvages à fruits vertes afin de tester la domestication convergente. Des données RNAseq ont été produites pour 24 accessions (12 cultures / 12 espèces sauvages) chez les trois espèces. Ainsi, à partir du spectre des frequencies de polymorphismes, nous modéliserons le scénario démographique le plus probable survenu durant la phase de domestication chez ces trois espèces et comparerons ces scénarios entre eux.

Publications représentatives

Sauvage C, Rau A, Aichholtz C, Chadoeuf J, Sarah G, Ruiz M, Santoni S, Causse M, David J, Glémin S (2017) Domestication rewired gene expression and nucleotide diversity patterns in tomato. The Plant J 91, 631-645 ; doi: 10.1111/tpj.13592

Bauchet  G, S Grenier, N Samson, V Segura, A Kende, J Beekwilder, K Cankar, JL Gallois, J Gricourt, J Bonnet, C Baxter, L Grivet, M Causse (2017) Identification of major loci and genomic regions controlling acid and volatile content in tomato fruit and implications for flavor improvement. New Phytologist (doi: 10.1111/nph.14615)

Bauchet G, Grenier S, Samson N, Bonnet J, Grivet L, Causse M (2017) Use of modern tomato breeding germplasm for deciphering the genetic control of agronomical traits by Genome Wide Association study. Theor Appl Genet 130(5), 875-889 ; DOI 10.1007/s00122-017-2857-9

Pascual L, E Albert, C Sauvage, J Duangjit, JP Bouchet, F Bitton, N Desplat, D Brunel, MC Le Paslier, N Ranc, L Bruguier, B Chauchard, P Verschave, M Causse (2016) Dissecting quantitative trait variation in the resequencing era: complementarity of bi-parental, multi-parental and association panels. Plant Science 242: 120-130

Blanca J, J Montero-Pau, C Sauvage, G Bauchet, E Illa, MJ Diez, D Francis, M Causse, E van der Knaap and J Cañizares (2015) Genomic variation in the tomato, from wild ancestors to contemporary breeding accessions. BMC Genomics 16 : 257, doi:10.1186/s12864-015-1444-1

Lin T, G Zhu, J Zhang, X Xu, Q Yu, Z Zheng, Z Zhang, Y Lun, S Li, X Wang, Z Huang, J Li, Ci Zhang, T Wang, Y Zhang, A Wang, Y Zhang, K Lin, C Li, G Xiong, Y Xue, A Mazzucato, M Causse, Z Fei, JJ Giovannoni, R T Chetelat, D Zamir, T Städler, J Li, Z Ye, Y Du & S Huang 2014. Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding. Nature Genetics 46: 1220-1226; doi:10.1038/ng.3117

Sauvage C, V Segura, G Bauchet, R Stevens, P T Do, Z Nikoloski, A R Fernie and M Causse 2014. Genome Wide Association in tomato reveals 44 candidate loci for fruit metabolic traits. Plant Physiology 165: 1120–1132

Diversité des Prunus

DADI 5

Les collections conservées dans le CRB et dans l’unité sont une ressource précieuse qui peut être exploitée pour :

  • cribler les ressources génétiques pour différents caractères afin d'élargir la base génétique utilisée dans les croisements, y compris les espèces sauvages apparentées;
  • rechercher des génotypes résilients à utiliser en tant que fonds génétiques dans lesquels introgresser des caractères ciblés;
  • étudier la structure et la diversité de nos collections, analyser le polymorphisme des locus d'intérêt;
  • développer des analyses GWAS.

Publications représentatives

Bourguiba, H., Batnini, M.-A., Krichen, L., Trifi-Farah, N., Audergon, J. M. (2017). Population structure and core collection construction of apricot (Prunus armeniaca L.) in north Africa based on microsatellite markers. Plant Genetic Resources Characterization and Utilization, 15 (1), 21-28.

https://www.cambridge.org/core/journals/plant-genetic-resources/article/population-structure-and-core-collection-construction-of-apricot-prunus-armeniaca-l-in-north-africa-based-on-microsatellite-markers/D8C1CD82712C4A9F485D1AB2B4C95211#

Micheletti, D., Dettori, M. T., Micali, S., Aramini, V., Pacheco, I., da Silva Linge, C., Foschi, S., Banchi, E., Barreneche, T., Quilot-Turion, B., Lambert, P., Pascal, T., Ignasi, I., Carbo, J., Wang, L.-R., Ma, R.-J., Li, X., Gao, Z.-S., Nazzicari, N., Troggio, M., Bassi, D., Rossini, L., Verde, I., Laurens, F., Arús, P., Aranzana, M. J. (2015). Whole-genome analysis of diversity and SNP-major gene association in peach germplasm. Plos One, 10 (9), 19 p.

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0136803