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Axe 1: Diversité génétique et domestication

Domestication des Solanacées

DADI 4

Les conséquences de la domestication sur les profils nucléotidiques et d'expression ont été examinées en utilisant des données RNAseq dans un ensemble d'accessions de plantes cultivées et sauvages (http://www.arcad-project.org/, Sarah et al., 2016). Après la tomate, nous avons étendu cette approche à la famille des Solanacées pour mener une approche génomique comparative du poivron, de l'aubergine et des tomates sauvages à fruits vertes afin de tester la domestication convergente. Des données RNAseq ont été produites pour 24 accessions (12 cultures / 12 espèces sauvages) chez les trois espèces. Ainsi, à partir du spectre des frequencies de polymorphismes, nous modéliserons le scénario démographique le plus probable survenu durant la phase de domestication chez ces trois espèces et comparerons ces scénarios entre eux.

Publications représentatives

Sauvage C, Rau A, Aichholtz C, Chadoeuf J, Sarah G, Ruiz M, Santoni S, Causse M, David J, Glémin S (2017) Domestication rewired gene expression and nucleotide diversity patterns in tomato. The Plant J 91, 631-645 ; doi: 10.1111/tpj.13592

Bauchet  G, S Grenier, N Samson, V Segura, A Kende, J Beekwilder, K Cankar, JL Gallois, J Gricourt, J Bonnet, C Baxter, L Grivet, M Causse (2017) Identification of major loci and genomic regions controlling acid and volatile content in tomato fruit and implications for flavor improvement. New Phytologist (doi: 10.1111/nph.14615)

Bauchet G, Grenier S, Samson N, Bonnet J, Grivet L, Causse M (2017) Use of modern tomato breeding germplasm for deciphering the genetic control of agronomical traits by Genome Wide Association study. Theor Appl Genet 130(5), 875-889 ; DOI 10.1007/s00122-017-2857-9

Pascual L, E Albert, C Sauvage, J Duangjit, JP Bouchet, F Bitton, N Desplat, D Brunel, MC Le Paslier, N Ranc, L Bruguier, B Chauchard, P Verschave, M Causse (2016) Dissecting quantitative trait variation in the resequencing era: complementarity of bi-parental, multi-parental and association panels. Plant Science 242: 120-130

Blanca J, J Montero-Pau, C Sauvage, G Bauchet, E Illa, MJ Diez, D Francis, M Causse, E van der Knaap and J Cañizares (2015) Genomic variation in the tomato, from wild ancestors to contemporary breeding accessions. BMC Genomics 16 : 257, doi:10.1186/s12864-015-1444-1

Lin T, G Zhu, J Zhang, X Xu, Q Yu, Z Zheng, Z Zhang, Y Lun, S Li, X Wang, Z Huang, J Li, Ci Zhang, T Wang, Y Zhang, A Wang, Y Zhang, K Lin, C Li, G Xiong, Y Xue, A Mazzucato, M Causse, Z Fei, JJ Giovannoni, R T Chetelat, D Zamir, T Städler, J Li, Z Ye, Y Du & S Huang 2014. Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding. Nature Genetics 46: 1220-1226; doi:10.1038/ng.3117

Sauvage C, V Segura, G Bauchet, R Stevens, P T Do, Z Nikoloski, A R Fernie and M Causse 2014. Genome Wide Association in tomato reveals 44 candidate loci for fruit metabolic traits. Plant Physiology 165: 1120–1132

Diversité des Prunus

DADI 5

Les collections conservées dans le CRB et dans l’unité sont une ressource précieuse qui peut être exploitée pour :

  • cribler les ressources génétiques pour différents caractères afin d'élargir la base génétique utilisée dans les croisements, y compris les espèces sauvages apparentées;
  • rechercher des génotypes résilients à utiliser en tant que fonds génétiques dans lesquels introgresser des caractères ciblés;
  • étudier la structure et la diversité de nos collections, analyser le polymorphisme des locus d'intérêt;
  • développer des analyses GWAS.

Publications représentatives

Bourguiba, H., Batnini, M.-A., Krichen, L., Trifi-Farah, N., Audergon, J. M. (2017). Population structure and core collection construction of apricot (Prunus armeniaca L.) in north Africa based on microsatellite markers. Plant Genetic Resources Characterization and Utilization, 15 (1), 21-28.

https://www.cambridge.org/core/journals/plant-genetic-resources/article/population-structure-and-core-collection-construction-of-apricot-prunus-armeniaca-l-in-north-africa-based-on-microsatellite-markers/D8C1CD82712C4A9F485D1AB2B4C95211#

Micheletti, D., Dettori, M. T., Micali, S., Aramini, V., Pacheco, I., da Silva Linge, C., Foschi, S., Banchi, E., Barreneche, T., Quilot-Turion, B., Lambert, P., Pascal, T., Ignasi, I., Carbo, J., Wang, L.-R., Ma, R.-J., Li, X., Gao, Z.-S., Nazzicari, N., Troggio, M., Bassi, D., Rossini, L., Verde, I., Laurens, F., Arús, P., Aranzana, M. J. (2015). Whole-genome analysis of diversity and SNP-major gene association in peach germplasm. Plos One, 10 (9), 19 p.

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0136803