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Bases de données

Les travaux du GAFL génèrent de grandes quantités de données qui sont, quand cela est possible, mises à disposition de la communauté

Données génomiques et protéomiques

  • Nous avons alimenté la SGN en méta qtl chez la pomme de terre Lien sur la SGN : http://solgenomics.wur.nl/chado/publication.pl?pub_id=18443 Référence Publi correspondante:  (Danan et al., BMC Plant Biology2011)
  • Nous déposons régulièrement nos données génétiques Prunus sur la base "Genome Database for Rosaceae" à l'adresse https://www.rosaceae.org/.
  • Nous contribuons au site ICuGi (International Cucurbit Genomics Initiative) en déposant des données de cartographie, comme celles issues de la population de lignées recombinantes Védrantais x PI 161375  Cucurbit Genomics Database (CuGenDB) www.icugi.org.
  • Données de cartographie du melon dans GnpIS (privées).
  • (archive) Evolutionary dynamics of Translation Initiation Factors EvoluTIF   Base de données regroupant des séquences des gènes du complexe d'initiation de la traduction chez les plantes. Les données sont réservées aux participants du projet EvoluTIF
  • (archive) SOLstIS   Base de données sur le protéome de la tomate. Ce site donne accès à une base de données publiques et à une base de données réservée à nos collaborateurs.

Données sur les ravageurs et pathogènes

  • Nous avons déposé des données de caractérisation de pucerons prélevés dans différents bassins de production de melon de 2004 à 2015 sur Dryad  .
  • Nous participons au projet COBRA, dont la base de données présente des facteurs viraux impliqués dans le contournement des résistances des plantes https://services.cbib.u-bordeaux2.fr/cobra/    (accès réservé, contact : Jean-Luc Gallois). 
  • Nous gérons une base de données sur près de 200 isolats de Phytophthora  entretenus en collection au GAFL, avec données passeport, phénotypiques, et génotypiques (contact : Véronique Lefebvre).
  • Nous tenons à jour une base de données génétiques sur des pucerons Aphis gossypii et Aphis frangulae : >10 000 individus, >600 génotypes multilocus sur la base de 8 marqueurs SSR  (contact: Nathalie Boissot).

Données de caractérisation des ressources génétiques végétales

Données liant génotypes et phénotypes

  • Nous avons importé des données de caractérisation du fruit d'accessions de tomate sur Ephesis   https://urgi.versailles.inra.fr/ephesis/ephesis/
  • Nous sommes en train de rentrer dans une base du département CEPIA en cours de constitution nos données qualité des fruits de Prunus (lien à venir).
  • Nous alimentons la base de données du projet européen FruitBreedomics qui regroupe des données phénotypiques et génotypiques (9kSNP) de nos populations pêcher et collection pêcher ; elle contient les données pêcher et pommier des partenaires du projet. (contact: Bénédicte Quilot)

Données phénologiques