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Chez le pêcher, la sélection assistée par marqueurs (SAM) a rarement été mise en application, en raison notamment du faible nombre de marqueurs disponibles et/ou de leur capacité limitée de transfert dans des croisements impliquant des fonds génétiques différents. Pour remédier à cela nous avons génotypé six descendances issues de douze parents différents, en ségrégation pour un ensemble de six caractères Mendéliens majeurs (cinq caractères du fruit et la résistance au puceron vert), à l’aide de la puce Infinium^® II d’Illumina contenant 9000 SNPs (IPSC 9K SNP array v1). Les cartes génétiques ainsi obtenues ont permis d’identifier un ensemble de SNPs fortement liés aux différents variants phénotypiques observés. De plus, la  comparaison de ces résultats avec ceux issus d’une étude de génétique d’association, basée sur cette même puce 9K, a permis d’identifier un jeu de SNP commun qui constitue ainsi une base de départ solide pour la construction d’haplotypes et la mise en œuvre de la sélection assistée par marqueurs (SAM) pour ces caractères, chez le pêcher.