Le parcours doctorat est composé de 6 semestres. Au cours de ces 6 semestres, l’étudiant mène des travaux de recherche au sein des laboratoires de l’université ou des laboratoires associés (INRA, INSERM, CEA, ...). Ces travaux aboutissent à la rédaction d’une thèse. En parallèle des travaux de recherche, l’étudiant suit au minimum 100H d’enseignement, réparties en modules de 25 heures chacun (2 modules par an).
 
 Par conséquent, les étudiants peuvent effectuer une thèse de Doctorat au sein des laboratoires de l'Institut Sophia Agrobiotech de l’INRA PACA à Sophia Antipolis, dans une thématique spécialement dédiée au végétal en interaction avec des organismes symbiotiques et pathogènes. 
 
 Promouvoir une agriculture moins dépendante d'une phytoprotection chimique, tout en préservant sa compétitivité, est devenu un enjeu national et européen dans le contexte du développement durable et de la préservation de la biodiversité. Le pôle a pour objectif de mobiliser des compétences pluridisciplinaires pour proposer des solutions nouvelles de maîtrise des bioagresseurs fondées sur la compréhension de leurs interactions avec les cultures, de l'évolution de leurs populations, de leurs relations avec le reste de l'écosystème cultivé et du fonctionnement des systèmes de culture.