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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Institut Sophia Agrobiotech

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Inra PACA
400 route des chappes
BP 167
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Tel. : +33(0)4 92 38 64 00
Fax : + 33(0)4 92 38 64 01

http://www.paca.inra.fr/institut-sophia-agrobiotech

Publications

Liste des publications

Biochimie analytique

2017
  • Castella C, Mirtziou I, Seassau A, Boscari A, Montrichard F, Papadopoulou K, Rouhier N, Puppo A, Brouquisse R. Post-translational modifications of Medicago truncatula glutathione peroxidase 1 induced by nitric oxide. Nitric Oxide. 2017 Aug 1;68:125-136. doi: 10.1016/j.niox.2017.02.004
2016
  • Rodiuc N, Barlet X, Hok S, Perfus-Barbeoch L, Allasia V, Engler G, Seassau A, Marteu N, de Almeida-Engler J, Panabières F, Abad P, Kemmerling B, Marco Y, Favery B, Keller H. Evolutionarily distant pathogens require the Arabidopsis phytosulfokine signalling pathway to establish disease. Plant Cell Environ. 2016 Jul;39(7):1396-407. doi: 0.1111/pce.12627. 
  • Han P, Desneux N, Michel T, Le Bot J, Seassau A, Wajnberg E, Amiens-Desneux E, Lavoir AV. Does Plant Cultivar Difference Modify the Bottom-Up Effects of Resource Limitation on Plant-Insect Herbivore Interactions? J Chem Ecol. 2016 Dec;42(12):1293-1303. 
  • Han P, Wang ZJ, Lavoir AV, Michel T, Seassau A, Zheng WY, Niu CY, Desneux N. Increased water salinity applied to tomato plants accelerates the development of the leaf miner Tuta absoluta through bottom-up effects. Sci Rep. 2016 Sep 13;6:32403. doi: 10.1038/srep32403.
2014
  • Larousse M, Govetto B, Seassau A, Etienne C, Industri B, Theodorakopoulos N, Deleury E, Ponchet M, Panabières F, Galiana E. Characterization of PPMUCL1/2/3, three members of a new oomycete-specific mucin-like protein family residing in Phytophthora parasitica biofilm. Protist. 2014 May;165(3):275-92. doi: 10.1016/j.protis.2014.03.003. 
Avant 2014
  • Baron OL, van West P, Industri B, Ponchet M, Dubreuil G, Gourbal B, Reichhart JM, Coustau C. Parental transfer of the antimicrobial protein LBP/BPI protects Biomphalaria glabrata eggs against oomycete infections. PLoS Pathog. 2013;9(12):e1003792. doi: 10.1371/journal.ppat.1003792. 
  • Bidet M, Tomico A, Martin P, Guizouarn H, Mollat P, Mus-Veteau I. The Hedgehog receptor patched functions in multidrug transport and chemotherapy resistance. Mol Cancer Res. 2012 Nov;10(11):1496-508. doi: 10.1158/1541-7786.MCR-11-0578. 
  • Bidet M, Joubert O, Lacombe B, Ciantar M, Nehmé R, Mollat P, Brétillon L, Faure H, Bittman R, Ruat M, Mus-Veteau I. The hedgehog receptor patched is involved in cholesterol transport. PLoS One. 2011;6(9):e23834. doi: 10.1371/journal.pone.0023834. 
  • Hovers J, Potschies M, Polidori A, Pucci B, Raynal S, Bonneté F, Serrano-Vega MJ, Tate CG, Picot D, Pierre Y, Popot JL, Nehmé R, Bidet M, Mus-Veteau I, Busskamp H, Jung KH, Marx A, Timmins PA, Welte W. A class of mild surfactants that keep integral membrane proteins water-soluble for functional studies and crystallization. Mol Membr Biol. 2011 Apr;28(3):171-81. doi: 10.3109/09687688.2011.552440. 
  • Nehmé R, Joubert O, Bidet M, Lacombe B, Polidori A, Pucci B, Mus-Veteau I. Stability study of the human G-protein coupled receptor, Smoothened. Biochim Biophys Acta. 2010 Jun;1798(6):1100-10. doi: 10.1016/j.bbamem.2010.02.015. 
  • Joubert O, Nehmé R, Fleury D, De Rivoyre M, Bidet M, Polidori A, Ruat M, Pucci B, Mollat P, Mus-Veteau I. Functional studies of membrane-bound and purified human Hedgehog receptor Patched expressed in yeast. Biochim Biophys Acta. 2009 Sep;1788(9):1813-21. doi: 10.1016/j.bbamem.2009.05.009. 
Communications par affiche
  • C. Castella et al, Regulation of the Medicago truncatula glutathione peroxidase 1 (MtGPX1) activity by NO. Analysis of post-translational modifications by biotin-switch and mass spectrometry approaches. Sept 2016, 6th NO Plant Meeting, Grenade.A. Seassau et al, Intérêt des approches protéomique et métabolomique pour la caractérisation de la résistance induite chez la tomate. Janvier 2014, JJC, Aussois
  • H. Daoulatli et al. Deciphering tomato defense after induction of resistance towards a biotrophic, an hemibiotrophic and a necrotrophic pathogen. (2013, IOBC, Avignon – Bulletin + poster)
Brevet
  • FR 1000193070: Pages G., Grépin R., Anti-CXCL1, CXCL7 and CXCL8 antibodies and their applications (2013)

Bioinformatique

2018
  • Medina, C., da Rocha, M., Magliano, M., Raptopoulo, A., Marteu, N., Lebrigand, K., Abad, P., Favery, B., and Jaubert-Possamai, S. (2018). Characterization of siRNAs clusters in Arabidopsis thaliana galls induced by the root-knot nematode Meloidogyne incognita. BMC Genomics 19, 943. doi:10.1186/s12864-018-5296-3
  • Pratx L, Rancurel C, Da Rocha M, Danchin EGJ, Castagnone-Sereno P, Abad P, Perfus-Barbeoch L. (2018) Genome-wide expert annotation of the epigenetic machinery of the plant-parasitic nematodes Meloidogyne spp., with a focus on the asexually reproducing species. BMC Genomics May 3;19(1):321. doi:10.1186/s12864-018-4686-x  
2017
  • Agnel, S., Rocha, M. da, and Robichon, A. (2017). Transcriptome Profiling of Neurosensory Perception Genes in Wing Tissue of Two Evolutionary Distant Insect Orders: Diptera (Drosophila melanogaster) and Hemiptera (Acyrthosiphon pisum). J Mol Evol 85, 234–245. doi:10.1007/s00239-017-9814-8
  • Etienne G.J. Danchin, Laetitia Perfus-Barbeoch, Corinne Rancurel, Peter Thorpe, Martine Da Rocha, Simon Bajew, Roy Neilson, Elena Sokolova (Guzeeva), Corinne Da Silva, Julie Guy, Karine Labadie, Daniel Esmenjaud, Johannes Helder, John T. Jones and Sebastian Eves-van den Akker (2017) The Transcriptomes of Xiphinema index and Longidorus elongatus Suggest Independent Acquisition of Some Plant Parasitism Genes by Horizontal Gene Transfer in Early-Branching Nematodes. Genes (Basel). 8(10): 287. doi:10.3390/genes8100287
  • Nguyen CN, Perfus-Barbeoch L, Quentin M, Zhao J, Magliano M, Marteu N, Da Rocha M, Nottet N, Abad P, Favery B. (2017) A root-knot nematode small glycine and cysteine-rich secreted effector, MiSGCR1, is involved in plant parasitism. New Phytol. 2017 Oct 16. doi:10.1111/nph.14837.
  • Corinne Rancurel, Ludovic Legrand and Etienne G. J. Danchin. (2017) Alienness: Rapid Detection of Candidate Horizontal Gene Transfers across the Tree of LifeGenes 2017, 8(10), 248; doi:10.3390/genes8100248.
  • Medina C, Da Rocha M, Magliano M, Ratpopoulo A, Revel B, Marteu N, Magnone V, Lebrigand K, Cabrera J, Barcala M, Silva AC, Millar A, Escobar C, Abad P, Favery B, Jaubert-Possamai S. (2017) Characterization of microRNAs from Arabidopsis galls highlights a role for miR159 in the plant response to the root-knot nematode Meloidogyne incognita. New Phytol. 2017 Sep 14. doi:10.1111/nph.14717.
  • Blanc-Mathieu R, Perfus-Barbeoch L, Aury JM, Da Rocha M, Gouzy J, Sallet E, Martin-Jimenez C, Bailly-Bechet M, Castagnone-Sereno P, Flot JF, Kozlowski DK, Cazareth J, Couloux A, Da Silva C, Guy J, Kim-Jo YJ, Rancurel C, Schiex T, Abad P, Wincker P, Danchin EGJ. (2017). Hybridization and polyploidy enable genomic plasticity without sex in the most devastating plant-parasitic nematodes. PLOS Genetics 13, e1006777. doi:10.1371/journal.pgen.1006777
  • Marie Larousse, Corinne Rancurel, Camille Syska, Ferran Palero, Catherine Etienne, Benoît Industri, Xavier Nesme, Marc Bardin and Eric Galiana. (2017) Tomato root microbiota and Phytophthora parasitica-associated disease. Microbiome 5:56 doi:10.1186/s40168-017-0273-7
2016
  • Romain Blanc-Mathieu, Laetitia Perfus-Babeoch, Jean-Marc Aury, Martine Da Rocha, Jerome Gouzy, Erika Sallet, Cristina Martin-Jimenez, Philippe Castagnone-Sereno, Jean-Francois Flot, Djampa Kozlowski, Julie Cazareth, Arnaud Couloux, Corinne Da Silva, Julie Guy, Corinne Rancurel, Thomas Schiex, Pierre Abad, Patrick Wincker, Etienne G.J. Danchin (2016). Peculiar hybrid genomes of devastating plant pests promote plasticity in the absence of sex and meiosis. bioRxiv 046805. 2016. doi:10.1101/046805
  • Marine Pratlong, Corinne Rancurel, Pierre Pontarotti and Didier Aurelle (2016) Monophyly of Anthozoa (Cnidaria): why do nuclear and mitochondrial phylogenies disagree? Zoologica Scripta 46(3),pages 363–371, May 2017;  First published : September 2016. doi:10.1111/zsc.12208
  • Damiani I., Drain A., Guichard M., Balzergue S., Boscari A., Boyer J-C, Brunaud V., Cottaz S., Rancurel C., Da Rocha M., Fizames C., Fort S., Gaillard I., Danchin E.G.J., Maillol V., Rouached H., Samain E., Su Y-H, Thouin J., Touraine B., Puppo A., Frachisse J-M, Pauly N., Sentenac H. (2016) Nod factor effects on root hair-specific transcriptome of Medicago truncatula: focus on plasma membrane transport systems and reactive oxygen species networks. Frontiers in Plant Science. doi:10.3389/fpls.2016.00794
  • Eves-van den Akker S, Laetsch DR, Thorpe P, Lilley CJ, Danchin EGJ, Da Rocha M, Rancurel C, Holroyd NE, Cotton JA, Szitenberg A, Grenier E, Montarry J, Mimee B, Duceppe MO, Boyes I, Marvin JM, Jones LM, Yusup HB, Lafond-Lapalme J, Esquibet M, Sabeh M, Rott M, Overmars H, Finkers-Tomczak A, Smant G, Koutsovoulos G, Blok V, Mantelin S, Cock PJ, Phillips W, Henrissat B, Urwin PE, Blaxter M, Jones JT. (2016). The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence. Genome Biology 17, 124. doi:10.1186/s13059-016-0985-1
2014
  • Eves-van den Akker S., Lilley C., Danchin E.G.J., Rancurel C., Cock P., Urwin P., Jones J.T. (2014). The transcriptome of Nacobbus aberrans reveals insights into the evolution of sedentary endoparasitism in plant-parasitic nematodes. Genome Biol. Evol. doi:10.1093/gbe/evu171
  • Pasquier, C., Clément, M., Dombrovsky, A., Penaud, S., Da Rocha, M., Rancurel, C., Ledger, N., Capovilla, M., and Robichon, A. (2014). Environmentally Selected Aphid Variants in Clonality Context Display Differential Patterns of Methylation in the Genome. PLoS ONE 9, e115022. doi:10.1371/journal.pone.0115022
Before 2014
  • Flot, J.-F., Hespeels, B., Li, X., Noel, B., Arkhipova, I., Danchin, E.G.J., Hejnol, A., Henrissat, B., Koszul, R., Aury, J.-M., et al. (2013). Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga. Nature. doi: 10.1038/nature12326
  • Danchin, E.G.J., Arguel, M.-J., Campan-Fournier, A., Perfus-Barbeoch, L., Magliano, M., Rosso, M.-N., Da Rocha, M., Da Silva, C., Nottet, N., Labadie, K., et al. (2013). Identification of Novel Target Genes for Safer and More Specific Control of Root-Knot Nematodes from a Pan-Genome Mining. PLoS Pathog 9, e1003745. doi: 10.1371/journal.ppat.1003745
  • Jaouannet M, Perfus-Barbeoch L, Deleury E, Magliano M, Engler G, Vieira P, Danchin EG, Da Rocha M, Coquillard P, Abad P, Rosso MN. (2012) A root-knot nematode-secreted protein is injected into giant cells and targeted to the nuclei. New Phytol. Jun;194(4):924-31.
  • Paganini J, Campan-Fournier A, Da Rocha M, Gouret P, Pontarotti P, Wajnberg E, Abad P, Danchin EGJ. Contribution of Lateral Gene Transfers to the Genome Composition and Parasitic Ability of Root-Knot Nematodes. PLoS One (2012)
Communications par affiche
  • Rancurel et al. (2014) Conference: ECCB 2014 : The 13th European Conference on Computational Biology
    Accepted Poster with Abstract F: Evolution and population genomics; F03: Alienness: Rapid detection of horizontal gene transfers in metazoan genomes
  • Da Rocha al., (2012) Does a genome structure in divergent copies allow animal to evolve without sexual reproduction ? JOBIM 2012, poster 25.

Imagerie cellulaire

2018
  • Barbosa, E.A., Bonfim Junior, M.F., Bloch Jr., C., Rocha, T.L., Engler, G., and de Almeida Engler, J. (2018). Imaging mass spectrometry of endogenous polypeptides and secondary metabolites from galls induced by root-knot nematodes in tomato roots. MPMI. DOI: 10.1094/MPMI-02-18-0049-R
2017
  • Junior, A. de S., Dijair, J., Pierre, O., Coelho, R.R., Grossi-de-Sa, M.F., Engler, G., and de Almeida Engler, J. (2017). Application of Nuclear Volume Measurements to Comprehend the Cell Cycle in Root-Knot Nematode-Induced Giant Cells. Front. Plant Sci. 8. DOI: 10.3389/fpls.2017.00961
  • Ramos Coelho, R., Vieira, P., Antonino de Souza Júnior, J.D., Martin-Jimenez, C., De Veylder, L., Cazareth, J., Engler, G., Grossi-de-Sa, M.F., and de Almeida Engler, J. (2017). Exploiting cell cycle inhibitor genes of the KRP family to control root-knot nematode induced feeding sites in plants. Plant, Cell & Environment. Doi: 10.1111/pce.12912
2016
  • Díaz-Manzano, F.E., Barcala, M., Engler, G., Fenoll, C., de Almeida-Engler, J., and Escobar, C. (2016). A Reliable Protocol for In situ microRNAs Detection in Feeding Sites Induced by Root-Knot Nematodes. Front Plant Sci 7, 966. DOI: 10.3389/fpls.2016.00966
  • Kyndt, T., Goverse, A., Haegeman, A., Warmerdam, S., Wanjau, C., Jahani, M., Engler, G., Engler, J. de A., and Gheysen, G. (2016). Redirection of auxin flow in Arabidopsis thaliana roots after infection by root-knot nematodes. J. Exp. Bot. erw230. DOI: 10.1093/jxb/erw230
2015
  • Albuquerque ÉV, Bezerra CA, Romero JV, Valencia JW, Valencia-Jiménez A, Pimenta LM, Barbosa AE, Silva MC, Meneguim AM, Sá ME, Engler G, de Almeida-Engler J, Fernandez D, Grossi-de-Sá MF (2015) Seed-Specific Stable Expression of the α-AI1 Inhibitor in Coffee Grains and the In Vivo Implications for the Development of the Coffee Berry Borer. Trop Plant Biol. 8:98-107
  • Cabrera, J., Díaz-Manzano, F.E., Barcala, M., Arganda-Carreras, I., de Almeida-Engler, J., Engler, G., Fenoll, C., and Escobar, C. (2015) Phenotyping nematode feeding sites: three-dimensional reconstruction and volumetric measurements of giant cells induced by root-knot nematodes in Arabidopsis. New Phytol. New Phytol. 206(2):868-80
  • Engler, J. de A., Vieira, P., Rodiuc, N., Sa, M.F.G. de, and Engler, G. (2015). The plant cell cycle machinery: usurped and modulated by plant-parasitic nematodes. Advances in Botanical Research 73, 91–118
  • Lourenço-Tessutti IT, Souza Junior JD, Martins-de-Sa D, Viana AA, Carneiro RM, Togawa RC, de Almeida-Engler J, Batista JA, Silva MC, Fragoso RR, Grossi-de-Sa MF (2015) Knock-down of heat-shock protein 90 and isocitrate lyase gene expression reduced root-knot nematode reproduction. Phytopathology. 105(5):628-37
  • Naessens E, Dubreuil G, Giordanengo P, Baron OL, Minet-Kebdani N, Keller H, Coustau C (2015) A Secreted MIF Cytokine Enables Aphid Feeding and Represses Plant Immune Responses. Curr Biol. 25(14):1898-903
  • Paganelli L, Caillaud MC, Quentin M, Damiani I, Govetto B, Lecomte P, Karpov PA, Abad P, Chabouté ME,  Favery B (2015) Three BUB1 and BUBR1/MAD3-related spindle assembly checkpoint proteins are required for accurate mitosis in Arabidopsis.  New Phytol. 205(1):202-15
  • Rodiuc, N., Barlet, X., Hok, S., Perfus-Barbeoch, L., Allasia, V., Engler, G., Séassau, A., Marteu, N., de Almeida-Engler, J., Panabières, F., et al. (2015). Evolutionarily distant pathogens require the Arabidopsis phytosulfokine signalling pathway to establish disease. Plant Cell Environ. DOI: 10.1111/pce.12627
2014
  • Attard A, Evangelisti E, Kebdani-Minet N, Panabières F, Deleury E, Maggio C, Ponchet M, Gourgues M (2014) Transcriptome dynamics of Arabidopsis thaliana root penetration by the oomycete pathogen Phytophthora parasitica. BMC Genomics. 15:538
  • Bernstein, A., Mangeon, A., Almeida-Engler, J., Engler, G., Montagu, M.V., Sachetto-Martins, G., and de Oliveira, D.E. (2014) Functional analysis of an auxin-inducible DNA-binding protein gene. Plant Signal Behav. 10(1):e977706
  • Bezerra, C.A., Macedo, L.L.P., Amorim, T.M.L., Santos, V.O., Fragoso, R.R., Lucena, W.A., Meneguim, A.M., Valencia-Jimenez, A., Engler, G., Silva, M.C.M., et al. (2014). Molecular cloning and characterization of an α-amylase cDNA highly expressed in major feeding stages of the coffee berry borer, Hypothenemus hampei. Gene 553, 7–16. DOI: 10.1016/j.gene.2014.09.050
  • Hopkins J, Pierre O, Kazmierczak T, Gruber V, Frugier F, Clement M, Frendo P, Herouart D, Boncompagni E (2014). MtZR1, a PRAF protein, is involved in the development of roots and symbiotic root nodules in Medicago truncatula. Plant Cell Environ. 37(3):658-69
  • Jezierska, A, Chaux, C, Pesquet, J-C, Talbot, H and Engler, G (2014)  An EM Approach for Time-Variant Poisson-Gaussian Model Parameter Estimation. IEEE Transactions on signal processing. 62(1): 17-30
  • Larousse M, Govetto B, Seassau A, Etienne C, Industri B, Theodorakopoulos N, Deleury E, Ponchet M, Panabieres F, Galiana E (2014) Characterization of PPMUCL1/2/3, three members of a new oomycete-specific mucin-like protein family residing in Phytophthora parasitica biofilm. Protist 165(3):275-92
  • Lipuma J, Cinege G, Bodogai M, Oláh B, Kiers A, Endre G, Dupont L, Dusha I (2014)  A vapBC-type toxin-antitoxin module of Sinorhizobium meliloti influences symbiotic efficiency and nodule senescence of Medicago sativa. Environ. Microbiol. 16(12):3714-29
  • Pierre O, Hopkins J, Combier M, Baldacci F, Engler G, Brouquisse R, Hérouart D, Boncompagni E (2014) Involvement of papain and legumain proteinase in the senescence process of Medicago truncatula nodules. New Phytol. 202(3): 849-63
  • Ribeiro CW, Alloing G, Mandon K, Frendo P (2014) Redox regulation of differentiation in symbiotic nitrogen fixation. Biochim Biophys Acta. 1850(8):1469-78
  • Vieira P, De Clercq A, Stals H, Van Leene J, Van De Slijke E, Van Isterdael G, Eeckhout D, Persiau G, Van Damme D, Verkest A, Antonino de Souza JD, Júnior, Glab N, Abad P, Engler G, Inzé D, De Veylder L, De Jaeger G, Engler JD. (2014) The Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor KRP6 Induces Mitosis and Impairs Cytokinesis in Giant Cells Induced by Plant-Parasitic Nematodes in Arabidopsis. Plant Cell 26(6):2633-2647
2013
  • Andrio E, Marino D, Marmeys A, de Segonzac MD, Damiani I, Genre A, Huguet S, Frendo P, Puppo A, Pauly N. (2013) Hydrogen peroxide-regulated genes in the Medicago truncatula–Sinorhizobium meliloti symbiosis. New Phytol. 198:179-89
  • Antonino de Souza Júnior JD, Ramos Coelho R, Tristan Lourenço I, da Rocha Fragoso R, Barbosa Viana AA, Lima Pepino de Macedo L, Mattar da Silva MC, Gomes Carneiro RM, Engler G, de Almeida-Engler J, Grossi-de-Sa MF. (2013) Knocking-down Meloidogyne incognitaproteases by plant-delivered dsRNA has negative pleiotropic effect on nematode vigor . PLoS One. 8(12): e85364
  • Baron OL, van West P, Industri B, Ponchet M, Dubreuil G, Gourbal B, Reichhart JM, Coustau C. (2013) Parental Transfer of the Antimicrobial Protein LBP/BPI Protects Biomphalaria glabrata Eggs against Oomycete Infections. PLoS Pathog. 9(12):e1003792
  • Benyamina SM, Baldacci-Cresp F, Couturier J, Chibani K, Hopkins J, Bekki A, de Lajudie P, Rouhier N, Jacquot JP, Alloing G, Puppo A, Frendo P. (2013) Two Sinorhizobium meliloti glutaredoxins regulate iron metabolism and symbiotic bacteroid differentiation. Environ Microbiol. 15(3):795-810
  • de Almeida Engler J, Gheysen G (2013) Nematode-induced endoreduplication in plant host cells: why and how? Mol Plant Microbe Interact.26(1):17-24
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