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Plantes et Système de cultures Horticoles

Plantes et Systèmes de culture Horticoles

Serveur de calcul

Descriptif

Le serveur de calcul est doté de 2 processeurs Intel Xeon de 8 cœurs (2 threads par cœur) soit un total équivalent de 32 processeurs disponibles pour du calcul parallèle. Il est doté de 64 Go de mémoire et d’un disque dur SSD. Le système d’exploitation installé est une distribution linux Debian 7 (64-bits).

Les principaux programmes installés sur le serveur de calcul sont R et Netlogo ainsi que divers compilateurs et utilitaires.

Comment démarrer ?

Vous devez faire une demande de login pour cette plateforme. Une fois en possession d’un identifiant, il est possible de se connecter au serveur à l’adresse pshsrv7.paca.inra.fr.

Connexion et copie de données

La connexion est uniquement autorisée par ssh. Les possesseurs d'ordinateurs tournant sous Mac OS X ou Linux peuvent se connecter directement en ouvrant un terminal, avec la commande : ssh -X pshsrv7.paca.inra.fr. Ceux ayant un ordinateur avec Windows devront d'abord installer un programme permettant d'utiliser le protocole ssh, par exemple PuTTY. Attention, si vous souhaitez utiliser des fenêtres graphiques, il faudra installer Xming ou un autre programme équivalent. Le transfert de données utilise un protocole sécurisé. Des commandes comme scp ou sftp permettent de copier des données entre son ordinateur local et le serveur de calcul. Il est possible, afin d'éviter de taper des lignes de commande, de se servir de programmes tel que FileZilla (disponible sous Windows, Mac OS X et Linux) ou WinSCP (Windows).

Utilisation des programmes installés

R et netlogo peuvent être exécutés en batch après s'être connecté au serveur. Les commandes nohup (http://fr.wikipedia.org/wiki/Nohup) ou screen (http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Screen) permettent à l’utilisateur de gérer ces processus.

Les utilisateurs de R disposent également d’un service accessible via un navigateur internet en se connectant à Rstudio Server à l’adresse http://pshsrv7.paca.inra.fr:8787.

En cas de questions

Pour demander un login, l’installation d’un logiciel, de packages supplémentaires ou en cas de problèmes lors de l'utilisation du serveur, vous pouvez me contacter au poste 2315 ou par mail (pierre.valsesia@inra.fr).