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Aptunion est l'un des principaux leaders dans la production d'ingrédients fonctionnels à base de fruits (utilisés ensuite en boulangerie, biscuiterie,  confiserie, ...). Parmi  les 10 000 t de fruits traités, la cerise est reine, avec 6000 t et une filière d’approvisionnement à 90% locale, filière qui reste une priorité du groupe. L’une des difficultés pour l’usine réside dans la gestion des stocks en produits finis, mais surtout en fruits : la récolte des fruits va se concentrer sur quelques semaines  alors que l’activité industrielle doit se répartir sur l’année.

Depuis 2013, Aptunion a développé un partenariat régional avec l'UMR408 SQPOV et le CTCPA. Le projet de recherche, avec accueil d’un doctorant CIFRE (Waël Wahib-Mahmoud), vise à améliorer la conservation des fruits pour valoriser au mieux les achats locaux et améliorer encore la qualité des produits finaux.